Elokuvat

Giovanni, Rakettiryhmän johtaja, onnistuu kloonaamaan Pokémonin Mewin fossiilista tiedemiesten avulla. Hän on luonut Mewtwon. Mewtwon herätessä laboratoriosta se kysyy kuka se on, mikä se on ja mistä se on tullut. Dr. Fuji, Mewtwon luoja, kertoo Mewtwon olevan ihmisten luoma olento, pelkkä klooni. Mewtwo tulistuu, koska sitä pidetään pelkkänä projektin lopputuloksena eikä oikeana elävänä Pokémonina. Mewtwo tuhoaa laboratorion vain kohdatakseen Giovannin, joka tarjoaa Mewtwolle tilaisuutta hyödyntää uskomattomia voimiaan.

Mewtwo puetaan haarniskaan ja sitä käytetään häikäilettömästi hyväksi Rakettiryhmän rikollisiin toimiin. Pian Mewtwo kyllästyy ja karkaa Giovannin käsistä. Se palaa sille kyseiselle saarelle, missä se alunperin luotiin. Mewtwo vannoo kostoa kaikille niille, jotka ovat häirinneet sen elämää.

Ash, Misty ja Brock nauttivat lounasta samalla kun Mewtwo tarkkailee heitä - kuten myös Rakettiryhmä. Yllättäen Dragonite saapuu ystävysten luokse ja toimittaa heille erikoisen kutsun saarelle nimeltä New Island. Kumppanukset matkaavat satamaan ja huomaavat siellä muitakin saarelle tähtääviä kouluttajia. Merellä riehuu voimakas myrsky, mutta se ei estä kouluttajia suuntaamasta kohti New Islandia. Myös Rakettiryhmä päätyy saarelle, Mewn seuratessa trioa.

Kun Ash sekä muut saapuvat vihdoin saarelle, he kohtaavat Mewtwon - hän toteaa olevansa maailman voimakkain Pokémon-kouluttaja. Mewtwo kertoo nuorisolle ihmisten olevan heikkoja ja röyhkeitä hallitessaan maailmaa, mutta ihmettelee myös Pokémonien motiiveja, koska ne ovat lyöttäytyneet ihmisten seuraan. Mewtwo johdattaa kouluttajat suurelle stadionille kamppaillakseen heitä vastaan omilla klooni-Pokémoneillaan. Ashin ja muidenkaan kouluttajien Pokémoneista ei ole niihin mitään vastusta. Mewtwo ilmoittaa kloonaavansa kouluttajien Pokémonit ja lähettää matkaan joukon erikoisia Poképalloja, jotka kaappaavat kouluttajien Pokémonit kloonaamista varten. Ashin Pikachu on viimeinen pallolta selviytynyt ja yrittää päästä karkuun. Ash puolustaa Pikachua, mutta lopulta se vangitaan palloon. Ash kaappaa kiinni pallosta ja roikkuu siinä kiinni, päätyen läheiseen laboratorioon.

Laboratoriosta löytyy laite, joka alkaa kloonaamaan juuri kaapattuja Pokémoneja. Ash estää Pikachun pallon joutumisen koneeseen ja samalla aiheuttaa siihen oikosulun. Tällöin ne Pokémonit, jotka ehdittiin jo kloonata, suuntaavat kohti luojaansa Mewtwota. Mewtwo vaatii saada tietää laitteen oikosulun aiheuttajan, ja Ash ilmestyy paikalle. Lähistöllä leijaileva Mew kuulee voimakkaan hälinän ja ilmestyy sekin Mewtwon eteen vannoten, ettei yksikään klooni pysty voittamaan alkuperäistä, viitaten myös itseensä ja Mewtwohun. Mewtwo tulistuu ja aloittaa taistelun Mewta vastaan. Myös klooni-Pokémonit alkavat otella alkuperäisiään vastaan.

Ash kauhistuu nähdessään kaiken tämän, ja juuri kun Mewtwo ja Mew valmistautuvat viimeisiin iskuihinsa, Ash ryntää Pokémonien väliin. Sekä Mewtwon että Mewn voimakkaat iskut osuvat Ashiin muuttaen hänet kiveksi. Ottelustadion hiljenee järkytyksestä, ja Pikachu yrittää elvyttää kouluttajaansa hyökkäyksillään. Huomatessaan Ashin elettömyyden, Pikachu alkaa vuodattaa kyyneleitä, ja pian myös kaikilla muilla Pokémoneilla alkaa kyyneleet virrata. Kyyneleet herättävät Ashin taianomaisesti henkiin.

Mewtwo pistää tämän liikuttavan tapahtuman merkille ja toteaakin, että voimakkuudella ei ole loppupeleissä mitään väliä: molemmat, sekä alkuperäiset että kloonit, ovat yhtä arvokkaita. Mewtwo kertoo Ashille etsivänsä paikan, jossa voi elää rauhassa klooni-Pokémoniensa kanssa. Lähtiessään Mewtwo pyyhkii tapahtumien muistot kouluttajien mielistä. Ash ja kumppanit heräävät pian laiturilta ilman mitään muistikuvia New Islandin tapahtumista, kun Mewtwo siirtyy jatkamaan elämäänsä puhtaalta pöydältä.