Elokuvat

Yhtäkkiä joukko fossiili-Pokémoneja ilmestyy, sekä mysteerinen Mirage Mestari. Hän on kaapannut Mirage Pokémonit valtaansa, ja kidnappaa Dr. Yungin sekä professori Oakin. Ash ystävineen jäävät laboratorion ulkopuolelle, eikä sisään pääse millään. Sisällä professori Oak vaatii Mirage Mestaria kertomaan, missä Dr. Yung on. Mirage Mestari ei huomioi professorin kysymystä lainkaan, vaan vaatii salasanaa professori Oakin laboratorion tietokantaan. Samassa legendaarinen Mew lentelee sisälle. Oak tervehtii sitä, mutta Mirage Mestari hyökkää sitä kohti ja käskee sitä häipymään. Mirage Mestari mainitsee Mewn olevan epäonnistunut Mirage Pokémon-kokeilu.

Ash ystävineen kehittelevät suunnitelman. Ash ja Misty yrittävät päästä laboratorion sisälle, kun May ja Max jäävät ulos vahtimaan. Brock lähtee viereiseen kylään kutsumaan viranomaisia paikalle. Pian Ash ja Misty toteuttavat suunnitelmansa ja pääsevät sisälle labraan. Laboratorion uumenissa Ash ja Misty kohtaavat Rakettiryhmän, joka hidastaa heidän kulkuaan niin, että Mirage Mestari äkkää tunkeilijat valvontakameroistaan. Mirage Pokémonit kaappaavat tunkeilijat. Ash käskee Pikachua pakenemaan ja tämä käyttää sähköhyökkäyksiä niin, että salamat välähtelevät ulos asti. Ulkopuolella May ja Max huomaavat nämä ja ymmärtävät jonkin olevan vialla, jolloin May lähtee laboratorioon, ja Max jää ulos vahtimaan.

Pikachun ukkosisku vapauttaa Ashin, mutta Misty putoaa pimeyteen ja Pikachu itse vangitaan. Yksinään ollessaan Ash kohtaa Mewn, joka joutuu yhtäkkiä ansaan erikoiseen voimakenttään. Ash auttaa Mewn vapaaksi, ja tajuaa sen olevan Mirage Pokémon. Samaan aikaan Mirage Mestari asettaa äskettäin vangitsemansa Pikachun erikoiseen laitteeseen. Professori Oak kyselee Mirage Mestarin aikeita, jolloin Mirage Mestari kertoo keräävänsä tietoa Pikachun muistoista. Jos professori Oak olisi yhteistyöhaluinen salasanansa kanssa, tämä ei olisi tarpeen. Pikachu ulvahtaa kivusta, jolloin professori Oak luovuttaa ja näppäilee salasanansa koneelle. Kone alkaa kerätä tietoa ympäri maailmaa, eri Pokémon-laboratorioista ja -keskuksista.

Läheisessä kylässä konstaapeli Jenny huomaa koneeltaan jotain hämärää tapahtuvan: joku lataa suuria määriä tietoja tietokannasta. Brock kertoo hänelle Mirage Mestarista, ja yhdessä he rientävät Dr. Yungin laboratoriolle. Samaan aikaan Misty on pulassa - hän roikkuu sillan kaiteessa. Hänen otteensa irtoaa, mutta May ehtii juuri paikalle pelastamaan hänet. Yhdessä he suuntaavat ylöspäin Mirage Mestarin luokse, missä kohtaavat Ashin ja Mewn sekä professori Oakin. Samalla he kaikki todistavat uuden Mirage Pokémonin syntymisen - nimittäin Mewtwon.

Mirage Mewtwo hyökkää agressiivisesti, ja Ash ystävineen pakenevat ulos. He luulevat olevansa turvassa, koska Mirage-systeemin taistelujärjestelmä toimii vain laboratorion läheisyydessä, mutta pian Mirage Mestari laajentaa aluetta niin, että Mirage Pokémonit pystyvät hyökkäämään missä ja milloin tahansa. Vähitellen lisää Mirage Pokémoneja syntyy: legendaariset Entei, Articuno ja Zapdos. Pian Oak tajuaa, kuka Mirage Mestari oikeasti on. Mirage Mestari ottaa naamionsa pois, ja paljastaa olevansa Dr. Yung! Dr. Yung oli aikoinaan erotettu Pokémon-instituutista, ja tästä katkerana hän päätti luoda voittamattomat Mirage Pokémonit.

Alkaa suuri taistelu vahvaa Mirage Mewtwota vastaan. Kenenkään Pokémoneista ei ole siihen vastusta, kunnes Mirage Mew astuu kuvioihin. Suuri taistelu Mewtwon ja Mewn välillä alkaa, joku lopulta päätyy siihen, että Mirage-taistelujärjestelmä imaisee Mewn takaisin tietokantaansa. Samaan aikaan Mewtwo kerää itseensä tämän kaiken tiedon, vahvistaen itseään entistä enemmän. Epätoivoisina Ash kumppaneineen ei tiedä mitä tehdä, kunnes Mew ilmestyy jälleen - Mewtwon kangastuksena. Mew pidättelee Mewtwota sen verran, että Pikachu saa hyökkäyksensä perille, tuhoten Mewtwon. Järjestelmä kerää Mewtwon tiedot takaisin sisäänsä, ja samalla myös Mew katoaa ikuisiksi ajoiksi.

Ash ei hyväksy Dr. Yungin käsitystä siitä, että Mew oli epäonnistunut kokeilu: se oli aisteiltaan kaikkia muita edellä. Pian laboratorio syttyy tuleen, mutta Dr. Yung ei vaikuta pettyneeltä. Hän astuu liekehtiviin laboratorion raunioihin ja ennen kuin professori Oak ehtii pysäyttää hänet, hän on kadonnut rakennuksen syvyyksiin. Myöhemmin poliisit tutkivat paikan, mutta eivät löydä merkkiäkään Dr. Yungista. Tästä hämillään Ash toteaa, että virheitä tekee jokainen, mutta Mew ei ainakaan ollut virheyksilö.