Elokuvat

Giovanni ei ole koskaan unohtanut Mewtwon petollisuutta ja on päättänyt vangita sen jälleen itselleen. Hän saa selville Mewtwon uuden olinpaikan ja lähettää Rakettiryhmän jäseniä matkaan pitämään huolen siitä, että Mewtwo saadaan aisoihin.

Ash, Misty ja Brock ovat matkallaan juuri Mt. Quenan lähistöllä. Hirveät sääolot ja bussiliikenteen epävarmuus pakottavat heidät jäämään läheiseen majaan, luonnonoloja tutkivan Luna Carsonin luokse. Pian he saavat seuraa myös tutkija Cullen Calixista sekä pirtsakasta Domino-tytöstä. Pian Rakettiryhmän Jessie, James ja Meowth hyökkäävät majaan yrittäen napata Pikachun, mutta suuri ilmavirtaus vie kuumailmapallon mukanaan kyydissään paitsi Rakettiryhmä, niin myös Pokémonejaan puolustaneet Ash ja muut majassa olevat henkilöt.

Kuumailmapallo leijailee Mt. Quenan yläpuolelle, missä kaikki huomaavat Rakettiryhmän iskujoukkojen lähestyvän. Domino paljastaa olevansa Rakettiryhmän jäsen Agentti 009 - tai omien sanojensa mukaan, Musta Tulppaani. Domino puhkaisee ilmapallon ja lennättää joukon kohti vuoren rinnettä. Domino itse suuntaa Giovannin koneeseen raportoimaan Mewtwon tilanteesta.

Pikachu ja Rakettiryhmän jäsenet ovat lentäneet suoraan Mewtwon saarelle, kun Ash ja muut päätyvät vastarannalle. He päättävät rakentaa kanootin päästäkseen saarelle. Pikachu ja Rakettiryhmä kohtaavat joukon klooni-Pokémoneja, jotka ovat aikovat taistella Giovannia vastaan. Rakettiryhmä suljetaan häkkiin ja Pikachu ja Meowth päättävät auttaa klooni-Pokémoneja taistelussa. Giovanni aloittaa hyökkäyksen ja Ash kumppaneineen joutuvat kaiken keskipisteeseen. Giovanni vangitsee joukon klooni-Pokémoneja, mutta Mewtwo saa ne vapaaksi.

Lopulta Giovanni saa Mewtwon alakynteen uhkailemalla pyydystää klooni-Pokémonit, jos Mewtwo ei tottele. Giovanni näyttää esimerkin Pikachulla ja klooni-Pikachulla, hyökäten niitä kohti, jättäen ne voimattomiksi. Ash kumppaneineen sekä klooni-Pokémonit ovat nyt Giovannin alaisuudessa - hänen suunnitelmansa onnistui. Giovanni alkaa rakentaa uutta Rakettiryhmän tukikohtaa saarelle samalla, kun Mewtwo on vankina kahden laitteen välissä, jotka imevät Mewtwosta energiaa. Rakentaminen alkaa saastuttaa Mt. Quenan tunnettua, äärimmäisen puhdasta vettä.

Ash, hänen ystävänsä, heidän Pokémoninsa sekä klooni-Pokémonit suljetaan häkkiin. Giovanni kokee pian elämänsä yllätyksen, kun saarta ja järveä ympäröivän metsän Pokémonit ilmestyvät saarelle ja sabotoivat Rakettiryhmän tukikohtaa, joka on saastuttanut järven puhtaan veden. Kaaoksen keskellä Ash ja muut pystyvät pakenemaan.

Ash rientää Mewtwon luokse, eikä muista aiemmin kohdanneensa sitä, vaikka Mewtwo muistaa kyllä pojan. Ash päättää auttaa Mewtwota, koska tämä auttoi Pikachua aikaisemmin, eikä hän muutenkaan tahdo nähdä Mewtwon kärsivän. Ash, Pikachu ja Brock saavat Mewtwota pitelevät laitteet sammumaan. Mewtwo on erittäin heikko laitteen imettyä siitä paljon energiaa, joten Ash päättää kantaa Mewtwon pois Giovannin luota samalla kun muut pitävät Rakettiryhmän pois Ashin ulottuvilta.

Kun Ash kantaa Mewtwota, tämä kysyy Ashilta, miksi Ash auttaa sitä. Ash selittää Mewtwon auttaneen Pikachua aikaisemmin, eikä aina tarvitse olla syytä auttaakseen. Mewtwo kertoo Ashin olevan ainoa kaltaistensa joukossa, mutta Ash toteaa kaltaisiaan löytyvän paljonkin. Kun Ash vihdoin saapuu saaren ytimeen, pienen lähteen ääreen, Ash heittää Mewtwon lähteeseen, vaikka kaikki pelkäävät Mewtwon saastuttavan puhtaan veden. Lähteellä on parantava vaikutus Pokémoneihin, ja vedessä Mewtwo tajuaa vihdoin todella olevansa oikea Pokémon, sillä vesi vaikuttaa siihen kuten muihinkin Pokémoneihin. Pian Mewtwo nousee vedestä täysissä voimissaan ja käyttää kykyjään karkottaakseen tunkeilijat uudesta kodistaan, ja siirtääkseen saaren ja sen puhtaan veden lähteen piiloon.

Kun Mewtwo uhkaa tyhjentää kaikkien muistikuvat tapahtuneesta, Ash ja muut protestoivat. Klooni-Pokémonien täytyy muistaa menneisyytensä, jotta niillä on mahdollisuus tulevaisuuteen. Ash vannoo pitävänsä paikan salassa, Brock puolestaan huomauttaa, että tapahtumat ovat kuitenkin jo tapahtuneet, eikä sitä muuta mikään.

Mewtwo ymmärtää heidän olevan oikeassa, ja tyhjentää vain Giovannin ja Rakettiryhmän muistikuvat tapahtuneesta, jotta heidän osalta tapahtumat eivät toistuisi enää. Tämän jälkeen Mewtwo siirtyy viettämään itsenäistä elämää, kun sen klooni-Pokémonit ovat saaneet mahdollisuuden jatkaa elämäänsä vapaasti luonnossa, muiden Pokémonien tavoin. Mewtwo lähettää Ashin kumppaneineen sekä Rakettiryhmän pois saarelta ja myöhemmin, Ashin kävellessä kadulla, hän luulee kuulleensa Mewtwon äänen. Ash ei kuitenkaan osaa sanoa, oliko se totta vai muisto vain.