Elokuvat

Ash, Brock, May ja Max kävelevät kohti seuraavaa määränpäätään kuivassa kuumuudessa, ja he etsivät epätoivoisesti varjoisaa suojaa. Vesi on loppu, ja sekä May että Max lysähtävät pettymyksestä. Ash huomaa edessä leijuvan vesipallon, ja mainittuaan veden, joukko kiiruhtaa sitä kohti.

Joukko kohtaa alueen täynnä leijuvia vesipalloja, joissa uiskentelee vesi-Pokémoneja. Max pyytää pallojen keskellä seisovalta tytöltä vettä, jota lopulta saa. Joukko esittäytyy tytölle, jolloin Brock huomaa tytön olevan Lizabeth, tunnettu Pokémon-sirkuksen esiintyjä. Esityksissään he käyttävät psyyke-Pokémonien voimien avulla leijuvia vesipalloja. Myöhemmin muu Lizabethin perhe esittäytyy mukanaan outo pelle, joka liittyi juuri sirkusjoukkoon. Perhe asuu matkailuvaunussa, ja sisälle päästyään Max nauttii lasillisen vettä. Hän kohtaa myös leikkisän Buizelin, joka lopulta paljastaa mystisen munan. May tuijottaa munaa hartaasti, kunnes Kyle, Lizabethin isä, tulee ja piilottaa sen. Lizabeth kutsuu joukon ilmaiseen esitykseen seuraavassa kaupungissa, johon kaikki suostuvat.

Mahtavan esityksen jälkeen Buizel on taas asialla ja hoksaa jälleen kanisterin, missä mystistä munaa säilytetään. May sattuu paikalle ja huomaa kanisterin. Yhtäkkiä pelle ilmestyy ja vie munan Buizelilta, antaen sen Lizabethille, joka piilottaa sen hyllyyn. Sirkusjoukko alkaa pakkaamaan tavaroitaan seuraavan kaupungin esitystä varten ja kutsuu Ashin kumppaneineen matkalle mukaan. Niinpä koko joukko lähtee matkalle vuoristoon.

Seuraavana yönä Buizel löytää munan jälleen, mutta tällä kertaa muna alkaa hehkua punaisena. Punainen valo saa Mayn näkemään unta vedenalaisesta maailmasta. Hän näkee mystisen vedenalaisen, leikkisän olennon ja kauniin temppelin. May säpsähtää hereille Lizabethin ihmetellessä mikä on hätänä. On aamu, ja vaunu on asettunut joen rantaan. Aamiaisella May kertoo ihmeellisestä unestaan muille, jolloin sekä Lizabeth, että hänen äitinsä Meredith kertovat nähneensä samanlaisen unen.

Samoihin aikoihin Rakettiryhmä päättää tehdä siirtonsa ja varastaa munan, mutta lähestyessään sitä, muna alkaa hehkua. Samassa hetkessä Rakettiryhmän roolit vaihtuvat: Jessie on nyt Meowth, Meowth on James ja James on Jessie. Se on munassa muhivan Pokémonin erikoinen kyky: Heart Swap. Rakettiryhmän sekoillessa muu joukko huomaa heidät ja Rakettiryhmä pistää juoksuksi muna kainalossaan. Rakettiryhmä pakenee perinteisen kuumailmapallonsa avulla, kunnes joukon mukana kulkenut pelle yllättää ja käyttää juuri nappaamaansa Fearowta Rakettiryhmän pysäyttämiseen.

Ash hoksaa pellen olevan Pokémon Ranger, jolloin pelle riisuu pukunsa ja esittäytyy olevansa Jackie. Samaan aikaan kapteeni Phantom hyökkää joukon kimppuun haluten munan itselleen. Alkaa taistelu munasta, kunnes muna sinkoutuu ilmaan ja lopulta alkaa loistaa kirkasta valoa. Munasta kuoriutuu Manaphy, joka ensimmäiseksi kohtaa Mayn ja luulee tätä äidikseen. Manaphy alkaa itkemään, ja May yrittää rauhoitella tätä. Phantom pettyy nähdessään, ettei muna ollutkaan se aarre, mitä hän alunperin etsi, mutta ei kuitenkaan luovuta. Jackie auttaa Ashin kumppaneineen karkuun.

Joukko suuntaa maan alle raunioihin, missä he näkevät seinällä muinaisia kuvia. Ship, Lizabethin isoisä, kertoo Ashille ja muille entisestä Samiyan vesikaupungin temppelistä, missä meren kuningas asui. Pahojen aikeiden takia temppeli siirrettiin veden alle. Temppeliä ei voi nähdä paljain silmin, mutta kun meren prinssi, Manaphy, saapuu Samiyaan, se tulee näkyviin. Joukko päättää viedä Manaphyn takaisin kotiinsa, ja vene odottaakin heitä jo laiturilla.

Matkallaan Jackie kertoo raskaasta menneisyydestään, kun hän eksyi vuorilla rankkaan lumimyrskyyn. Villit Pokémonit pelastivat hänet, jolloin Jackie päätti, että hänestä tulee Pokémon Ranger. Jackie katsoo epäillen Mayn ja Manaphyn läheistä suhdetta ja toteaa Maylle, ettei hän voi elää Manaphyn kanssa ikuisesti. May toteaa tämän olevan surullista mutta totta. Myöhemmin joukko rantautuu pienelle saarelle. Mayn huivi lentää mereen, ja Manaphy yrittää pelastaa sen. Manaphya ei kuitenkaan näy pitkään aikaan, ja May sekä muut huolestuvat. Samaan aikaan kapteeni Phantom on löytänyt saaren sijainnin, mutta päättää odottaa siihen asti, kunnes Samiya löytyy.

Ash kavereineen astuvat sukellusveneeseen ja matka kohti meren syvyyksiä voi alkaa. Manaphykin liittyy jälleen joukkoon, kunnes voimakas virtaus vie sukellusveneen mennessään. Manaphy auttaa sukellusveneen pois virtauksesta. Kuu alkaa hohtamaan punaisena ja Manaphy saa joukon johdateltua Samiyan temppelikaupunkiin. Myös Phantom astuu kaupunkiin ja lopulta koko joukko kohtaa huoneen täynnä arvokkaita koruja ja jalokiviä. Phantom ilmestyy ja kahmii itselleen koruja, kunnes temppeli alkaa huojumaan. Vettä alkaa virtaamaan koloista, jolloin Ash ja muu joukko tietää, että on parasta paeta takaisin sukellusveneelle ennen kuin huone - ja koko kaupunki - täyttyy vedestä. Jackie lupaa hoidella Phantomin.

Joukon paetessa sukellusveneelle Manaphy pomppaa Mayn käsistä ja haluaa viedä hänet ja Ashin jonnekin. Lizabeth epäröi, kunnes Ash käskee heidän lähteä mutta pysytellä lähettyvillä. Niinpä Manaphy johdattelee sekä Ashin että Mayn takaisin temppeliin. He tulevat takaisin aarrehuoneeseen, missä Manaphy asettelee kristalleja niille sopiviin koloihin. Ash ja May tajuavat, että kun kaikki kristallit ovat paikoillaan, Samiya voidaan pelastaa. Niinpä he asettavat kristalleja koloihin, kunnes huomaavat yhden puuttuvan. Vesi nousee uhkaavasti, jolloin joukko päättää paeta. Pakomatkalla Pikachu kuitenkin huomaa viimeisen kristallin, jonka Ash päättää viedä aarrehuoneeseen. Ash hoksaa tiiviin kotelon, jonne sulkee Mayn, Pikachun ja Manaphyn turvaan, ja lähtee matkalle kohti aarrehuonetta.

Ash joutuu sukeltamaan vedenpaljouden takia, ja vähitellen häneltä alkaa loppua happi, jolloin hän pudottaa kristallin. May toivoo Ashin selviävän, jolloin Manaphy käyttää Heart Swap-voimaansa ja Ash saa lisää energiaa. Ash saa viimeisen kristallin paikoilleen, jolloin vedentulo loppuu ja temppeli alkaa nousta pinnalle. Keltaisia säteitä kimpoilee ympäriinsä. May avaa kotelon luukun ja pelkää Ashin hukkuneen, kunnes Phantom nappaa Manaphyn. Yhtäkkiä keltainen säde pyyhkäisee Phantomin perään - keltainen säde on Ash! Ash saa Manaphyn pelastettua ja ihmettelee Pokémonien paljoutta: jopa legendaarinen Kyogre ilmestyy tervehtimään merten prinssiä.

Phantom pyrkii kuitenkin vielä nappaamaan Manaphyn, jolloin Manaphy saa Pokémon-ystävänsä hoitelemaan Phantomin. Joukko on iloinen, että Ash selvisi, ja että hän sai meren kuninkaan voimat. Ash antaa muullekin joukolle voimat, jolloin he kaikki sinkoutuvat keltaisina säteinä takaisin Samiyan ympäristöön, minne Pokémonit ovat kokoontuneet tavatakseen merten prinssin. Lopulta Samiya uppoaa takaisin veteen, ja Mayn täytyy hyvästellä Manaphy. Vaikka se on vaikeaa, May saa sen tehtyä, jolloin Manaphy lausuu seikkailun aikana oppimansa Mayn nimen todistaakseen tälle katkeamattoman ystävyyssiteensä.