Elokuvat

Monia monia vuosia tuon tapahtuman jälkeen Ash, May, Brock ja Max saapuvat Cameronin linnaan osallistumaan Sir Aaronin kunniaksi järjestettyyn juhlaan. Ash pukeutuu samankaltaiseen asuun, jota Sir Aaron piti aikanaan ja osallistuu useisiin juhlien teemaan liittyviin kilpailuihin. Ash selviytyy kilpailuista voittajana ja hänet palkitaan antamalla hänen istua sankarin tuolilla, sekä ojentamalla hänelle Sir Aaronin sauva, jota hänen tulee kantaa tanssiaisten ajan. Rakettiryhmä tunkeilee tanssiaisiin, mutta Meowth keskittyy muuhun - se nimittäin huomaa salaisen agentin, Kiddin, joka on legendaarisen Mewn perässä.

Ashin ja muiden Pokémonit rientävät leikkimään ullakolle, kun Mew yllättäen liittyy niiden joukkoon. Tämän huomatessaan Kidd lähettää Weavilensa Pokémonien keskuuteen napatakseen Mewn, mutta Pokémonit puolustautuvat parhaansa mukaan. Lopulta Mew teleporttaa itsensä pois, ja ottaa mukaansa Pikachun ja Meowthin. Max ehtii juuri ja juuri todistamaan tilanteen. Tanssiaisissa Ash poseeraa Sir Aaronin tavoin ilotulitusten paukkuessa, ja yhtäkkiä Lucario vapautuu Sir Aaronin sauvasta. Lucario ihmettelee nykyajan menoa ja huomaa omistajansa, Sir Aaronin, auran kadonneen ja miettii pettyneenä, hylkäsikö Sir Aaron tosiaan sotien keskellä linnan ja kumppaninsa, Lucarion.

Max ilmestyy ja ilmoittaa Pikachun ja Meowthin hävinneen Mewn kanssa. Queen Ilene, kuningatar, kertoo toveruksille Mewn joskus ilmestyvän linnaan ja vievän tavaroita kotiinsa The Tree of Beginning-puulle. Ash ja kumppanit, mukanaan Lucario, lähtevät kohti suurta puuta Rakettiryhmän seuratessa perässä. Joukkoon liittyy myös Kidd, joka osoittautuukin olevan kuuluisa seikkailija, joka pitää hallussaan useita ennätyksiä. Hän on tutkinut Mewn ja The Tree of Beginning-puun yhteyttä ja on tahtonut kiinnittää Mew-Pokémoniin kiinni seurantalaitteen sen kohdatessaan.

Matkallaan joukko pääsee tutustumaan erikoisiin kukkiin (Time Flower), joilla on kyky palata menneisyyteen. Porukka oppii kukkien kautta yhtä jos toista Sir Aaronin ja Lucarion historiasta, selvittäen tapahtumia entisestään. Eräänä yönä Ash juttelee Lucarion kanssa itsensä ja Pikachun läheisestä suhteesta. Lucario tuo esille pitävänsä ihmisiä epäluotettavina, jolloin Ash taklaa Lucarion, suututtaen Lucarion entisestään. Max hieroo sopua Lucarion kanssa antamalla tälle suklaata. Seuraavana aamuna joukko kohtaa jälleen Time Flowerin, joka näyttää heille paikan, missä Lucario vangittiin. He huomaavat Sir Aaronin juoksevan pois, jättäen Lucarion vangittuna sauvaan taakseen. Joukko alkaa uskoa, että Lucario on oikea sankari ja Sir Aaron petturi, ja Ash pyytää Lucariolta anteeksi käytöstään. Lucario pyytää Ashia lupaamaan, ettei koskaan hylkää Pikachua.

Joukko on jo lähellä puuta, kun yllättäen puuta suojeleva Regirock hyökkää heidän kimppuunsa. He juoksevat puun sisälle ja samalla Ash ja Lucario eroavat muusta joukosta. Regice hyökkää Ashin kimppuun ja hän päättää Lucarion kanssa paeta. Samaan aikaan muualla Registeel hyökkää lopun joukon kimppuun. Kidd on ainoa joka onnistuu karkaamaan, muiden imeytyessä puun erittämään punaiseen aineeseen, joka pitää ihmistunkeilijat erossa. Aineen tehotessa vain ihmisiin, heidän Pokémoninsa jäävät kauhuissaan ulkopuolelle katsomaan mitä tuleman pitää. Lopulta myös Ash ja Kidd imeytyvät aineeseen, ja Pokémonien huutaessa kouluttajiensa perään, Mew saa heidät lopulta pelastettua ymmärrettyään ihmisten olevan hyväntahtoisia.

Mew tulee sairaaksi käytettyään paljon voimaa kouluttajien pelastamiseen, jolloin Ash, Kidd, Lucario ja Mew rientävät puun ytimeen huomatakseen, että puu tekee kuolemaa. Tämä vaikuttaa suoraan myös Mewn hyvinvointiin. He löytävät ytimestä myös Sir Aaronin haamun ja Time Flowerin, joka näyttää menneiden tapahtumien tosiseikat. Nämä seikat todistavatkin Lucarion olleen väärässä ja Sir Aaronin olleen oikeasti legendaarinen sankari, pelastaen maan uhratessaan henkensä. Ash huomaa Sir Aaronin hanskat lähettyvillä ja pistää ne käteensä. Yhdessä Lucarion kanssa Ash kerää auraa palauttaaksen voimat takaisin puuhun. Molemmat tietävät kuolevansa, mutta jatkavat silti, kunnes loppumetreillä Lucario työntää Ashin pois ja uhraa pelkästään itsensä. Lucario uhrautuu, mutta pääsee takaisin kumppaninsa Sir Aaronin viereen tuonpuoleiseen.

Puu pelastuu ja Mew tervehtyy. Ash ja Kidd tapaavat Brockin, Mayn ja Maxin puun ulkopuolella, jolloin muut huomaavat Lucarion kadonneen. Brock ei voi uskoa Lucarion lähteneen, johon Ash toteaa, ettei Lucario ole mihinkään lähtenyt - sen aura on Ashissa, eikä se katoa koskaan.