Elokuvat

Violetti kivi muuttuu yhtäkkiä Deoxysiksi, joka ottaa vihreän kiven mukaansa ja on aikeissa lähteä. Tällöin Rayquaza kuitenkin hyökkää tunkeutujan kimppuun. Syntyy massiivinen taistelu, joka tuhoaa läheisen tutkimuskeskuksen ja aiheuttaa nuorelle pojalle, Torylle traumoja. Juuri kun Rayquaza on alakynnessä, Deoxys häiriintyy tuhoutuneen tutkimuskeskuksen rikkoutuneista tietokoneista ja niiden radioaalloista. Niinpä Rayquaza pystyy tekemään Deoxysistä kunnolla selvää, ja Deoxys muuttuu jälleen kiveksi ja putoaa mereen. Samaan aikaan joukko tutkijoita, mukaan lukien Toryn isä, löytää mereen pudonneen Deoxysin jälkeen jättämän vihreän kiven. Kivi otetaan mukaan tutkimuksia varten Hoenn-alueelle. Merenpohjaan vajonnut kivi jää odottamaan sitä päivää, kun se kohtaa jälleen ystävänsä.

Neljä vuotta myöhemmin Ash, May, Max ja Brock suuntaavat teknologiantäyteisen LaRousse Cityn Battle Toweriin. Siellä he kohtavaat pojan, Toryn, joka pelkää Pokémoneja lapsuuden traumansa takia. Tory päätyy vahingossa ottelemaan Ashin rinnalle Battle Towerissa, mutta koska hän ei omista yhtään Pokémonia (ja muutenkin pelkää niitä), kaksikko häviää alta aikayksikön. Ash kuitenkin tutustuu Toryyn paremmin ja huomaa hänen olevan myös melko yksinäinen poika. Joukon ystävystyessä Tory tutustuu myös energisiin Plusleen ja Minuniin ja alkaa uskaltautua tutustumaan Pokémoneihin. Käy myös ilmi, että muutama vuosi löydetty vihreä kivi on sijoitettu Toryn isän laboratorioon kaupungin keskustaan.

Näinä hetkinä aikoinaan meren pohjaan pudonnut violetti kivi saa kerättyä niin paljon energiaa, että muuttuu jälleen oikeaksi muodokseen: Deoxysiksi. Se lähtee etsimään vihreää ystäväänsä, joka löytyy Toryn vanhempien laboratoriosta yhä kivimäisessä muodossaan. Deoxysin ilmestyttyä kaupungin ylle, se luo mystisen, violetin auran, jolloin kaupungin asukkaat ymmärtävät, että Deoxys on liikkeellä. Rayquaza aistii myös tutun tunkeilijan läsnäolon ja saapuu kaupunkiin haastamaan Deoxysin. Deoxysin ja Rayquazan ottelu alkaa aiheuttaa vahinkoa kaupunkiin, jolloin sen asukkaat päätetään evakuoida. Kaiken tämän keskellä Tory saa yhteyden vihreään kiveen, joka kertoo kaipaavansa ystäväänsä. Tory ja Ash ystävineen päättävät yrittää herättää vihreän kiven Deoxysin eloon.

Ulkona Deoxysin ja Rayquazan taistelu jatkuu raivokkaana, kun Tory ja Ash yrittävät saada laboratorion lasereihin tarpeeksi voimaa vapauttamaan Deoxysin kiven sisältä. Lopulta he onnistuvat ja vihreän kiven Deoxys rientää juuri paikalle, kun toinen Deoxys on tekemässä Rayquazasta selvää ja tilanne raukeaa hetkeksi. Kaksi Deoxysta kohtaavat toisensa jälleen, mutta tilanne Rayquazan kanssa on edelleen epävakaa. Samaan aikaan kaupungin puolustusmekanismi sekoaa ja teknologiset, kulmikkaat turvarobotit villiintyvät. Ne käyvät ensin Rayquazan kimppuun, joka hautautuu tuhansien turvarobottien alle. Deoxysit yrittävät pelastaa sitä, mutta hautautuvat lopulta itsekin.

Jotta turvarobotit saadaan sammumaan ja rauhoittumaan, tulee kytkeä pois päältä niitä ohjaava keskusrobotti. Ash ja Tory ryhtyvät tuumasta toimeen ja yrittävät löytää robottimeressä tiensä oikeaan suuntaan. Keskusrobotti on sijoittunut korkealle tornille, jota Ash lähtee kiipeämään. Ash onnistuu sammuttamaan robotit, mutta samaan aikaan Toryn mukana kulkeneet Plusle ja Minun putoavat oltuaan korkealla robottien päällä. Tory hyppää niiden perään pelastaakseen ne päätyen lopulta itsekin putoamaan korkeuksista. Deoxys singahtaa paikalle ja pelastaa joukon, ja Tory saa vihdoin ensikosketuksensa Pokémoneihin.

Rayquaza ja Deoxysit pelastautuvat robottien alta. Rayquaza arvostaa Deoxysien pelastusyrityksiä ja solmii niiden kanssa ystävyyden. Lopulta Pokémonit lennähtävät pois LaRousse Citystä ja tuhoisa taistelu on muisto vain. Tory huomaa traumansa Pokémoneja kohtaan hävinneen, ja päättää aloittaa Pokémon-kouluttajuuden yhdessä uusien tuttaviensa Pluslen ja Minunin kanssa.