Elokuvat

Ash, Misty ja Tracey ovat Orange Islands-saarilla ja ovat matkalla seuraavaan määränpäähänsä veneellä, kun yhtäkkiä voimakas myrsky yllättää heidät ja vene ajautuu läheiselle Shamoutin saarelle. Kumppanukset saavat kuulla sään muuttuneen yllättäen, ja sen olevan myrskyisä myös Pallet Townissa. Saarella Ash, Misty ja Tracey tutustuvat asukkaisiin heidän juhliessa vuosittaista Legenda Festivaalia, jossa kunnioitetaan ennustusta: Valittu tulee auttamaan Lugiaa kesyttääkseen legendaariset linnut ja pelastamaan maailman. Paikallinen tyttö Melody valitaan juhlien tähdeksi, vaikka hän aluksi onkin hieman vastahakoinen ajatukselle.

Festivaalin aikaan Melody kertoo Ashin olevan juhlien Valittu ja kertoo hänen roolistaan: Ashin täytyy matkustaa sekä tuli-, jää- että salamasaareen ja löytää kolme lasista kuulaa, jotka edustavat saarten kolmea tyyppiä. Kuulat täytyy tuoda Shamoutin pyhäkölle, missä Melody soittaa kauniin sävelmän, joka päättää festivaalin. Ash lähtee heti matkaan ystäviensä kanssa, mutta ei ymmärrä sään vaarallisuutta. Vene paiskautuu tulisaaren kivikkoon, mutta Ash jatkaa sitkeästi matkaansa tulikuulan toivossa, ja lopulta saa sen haalittua itselleen. Huipulla Ash kohtaa Zapdosin, joka kommunikoi sähköisin liikkein Pikachun kanssa. Pian Lawrence kuitenkin ilmestyy aluksellaan, ja pyydystää Zapdosin sekä veneen että sen matkustajat. Lawrence vapauttaa heidät kaikki aluksensa alimpaan kammioon.

Ash ja kumppanit huomaavat sekä Moltresin että Zapdosin olevan vangittuina samassa kammiossa, ja niinpä he käyttävät Pokémonejaan auttaakseen linnut vapauteen. Vapauduttuaan sekä Moltres että Zapdos hyökkäävät heti Lawrencen alukseen ja tuhoavat sen niin, että se putoaa salamasaarelle. Samalla Ash löytää saarelta salamakuulan. Joukko pakenee veneeseen samalla, kun Moltres, Zapdos, sekä uusi vastustaja Articuno, taistelevat. Suuri vesipyörre kantaa veneen takaisin Shamoutin saarelle, missä ystävykset tapaavat Slowkingin, pyhäkön vartijan, joka pystyy kommunikoimaan telepaattisesti. Slowking näyttää Ashille paikan, johon kuulat täytyy asettaa. Kolme legendaarista lintua hyökkäävät kohti pyhäkköä, mutta yhtäkkiä Lugia ilmestyy pysäyttäen lintujen aikeet. Lugia pystyy kommunikoimaan ystävysten kanssa Slowkingin tavoin, ja se kertoo Ashin olevan ennustuksen oikea Valittu. Ashin täytyy hankkia vielä viimeinen kuula, jääkuula, Articunon saarelta, ja vaikka Ash ensin epäilee kykyjään, lähtee hän lopulta matkaan.

Samalla kun Ash Pokémoneineen ja Lugia suuntaavat kohti jääsaarta, Rakettiryhmä hoksaa taivaalla helikopterin. Helikopterista löytyy Ashin äiti Delia, professorit Oak ja Ivy sekä uutisryhmä. Helikopteri paiskautuu maahan ja Rakettiryhmä löytää helikopterista täytettävän lautan. Hyödyntäen propellia, Rakettiryhmä rakentaa moottorisen ajoneuvon ja auttaa myös Ashia, hänen yllätyksekseen, matkalla kohti jääsaarta. Lopulta Ash löytää viimeisen kuulan ja Lugian avulla hän pääsee takaisin pyhäkölle.

Lawrence yrittää vielä aluksen rippeillään pyydystää Lugian, mutta Lugia käyttää viimeiset voimansa sekä Lawrencen aluksen tuhoamiseen, että kolmen keskenään taistelevan legendaarisen linnun peittoamiseen. Lopulta Lugia vajoaa takaisin meren syvyyksiin. Ash kiiruhtaa pyhäkölle ja asettaa viimeisen kuulan paikoilleen. Pyhäkkö valaistuu ja Melody alkaa soittaa tuttua säveltä. Sävel palauttaa Lugian voimat ja tämä palauttaa tasapainon legendaaristen lintujen keskuuteen. Kyyditettyään Ashia, Lugia palaa takaisin mereen ja kolme lintua palaavat vastaaville saarilleen.

Delia ja professorit saapuvat Ashin ja kumppaneiden luokse tarkistamaan onko kaikki kunnossa. Lawrence poimii aluksensa jäänteistä kortin Mewsta ja päättää aloittaa uuden, pienemmän mittakaavan keräilykohteen. Rakettiryhmä kohtaa Slowkingin, joka mainitsee heidänkin olevan osatekijöitä sankarilliseen lopputulokseen.