Elokuvat

Ash, Dawn ja Brock saapuvat kauniiseen Michinan kylään. Pulikoidessaan joessa he huomaavat vesimeloneiden kelluvan heitä kohti. Pari kouluttajaa haastavat Ashin ja Dawnin otteluun, jonka palkinnoksi sovitaan kyseiset vesimelonit. Ash ja Dawn suostuvat ja voittavat kouluttajat. Nautittuaan vesimelonit, Ash ja kumppanit viedään Michinan raunioille, missä he yhtäkkiä joutuvat keskelle eri ulottuvuuksien vääristymien aiheuttamaa vesipyörrettä, joka miltei vie Pikachun ja Piplupin mukanaan. Paikalle rientää Sheena, joka osaa kommunikoida Pokémonien kanssa sydämen välityksellä. Hän kutsuu paikalle Dialgan pysäyttämään tämän vääristymän. Sheena on raunioiden vartija ja apurinsa Kevinin kanssa hän kertoo Dialgan ja Palkian ikuisen taistelun ja erimielisyyksien aiheutuneen Arceuksen synnyttämästä energiasta. Hän jatkaa kertoen esi-isänsä Damoksen pettäneen Arceuksen, jolloin Arceuksen viha on säilynyt tähän päivään asti. Arceuksen uusi ilmestyminen ei ole kaukana, ja Sheena on päättänyt korjata esi-isänsä vääryyden ja palauttaa Elämän jalokiven viimein takaisin Arceukselle.

Pian uusi vääristymä ilmestyy ja Palkia tulee pysäyttämään sen. Sheena kommunikoi sekä Dialgan että Palkian kanssa rauhoittaen väliaikaisesti niiden välisen taistelun. Pian Giratina ilmestyy ja hyökkää sekä Dialgan että Palkian kimppuun. Sheena ei pysty korjaamaan tilannetta, koska se ei saa yhteyttä Giratinan sydämeen. Taistelu loppuu kun Ash rauhoittaa Giratinan, ja lopulta kolme legendaarista Pokémonia katoavat omiin ulottuvuuksiinsa.

Arceus herää vihdoin, ja alkaa vihamielisesti tuhoamaan Michinan kylää. Sheena tarjoaa Arceukselle Elämän jalokiveä, mutta Arceus huomaa sen olevan väärennös ja tulistuu entistä enemmän. Sheena järkyttyy ja pian Dialga, Palkia ja Giratina ilmestyvät yrittäen pysäyttää Arceuksen raivon. Taistelun lomassa Dialga käyttää viimeisiä voimiaan lähettäen Sheenan, Ashin, Dawnin ja Brockin ajassa taaksepäin, jotta he näkevät, mitä menneisyydessä on todella tapahtunut.

Joukko saapuu tilanteeseen, jossa Damos on palauttamassa Elämän jalokiveä Arceukselle. He todistavat Damoksen petoksen ja huomaavat toisenkin miehen olevan petoksessa mukana. Michinan raunioiden Pokémonit hyökkäävät Arceuksen kimppuun, jolloin Arceus puolustautuu ja saa ympäristön kaaokseen, aiheuttaen Ashille ja kumppaneille hengenvaaran. Sheena saa Dialgan lähettämään heidät edelleen ajassa taaksepäin paria tuntia ennen Damoksen petosta. Suuri määrä sotilaita ympäröi ystävykset, jolloin aiemmin taustalla esiintynyt mies, Marcus, ilmestyy. Hän hypnotisoi kaikki muut paitsi Sheenan, jonka näkymät tulevaisuudesta ovat hänelle kiinnostavia. Marcus määrää muut telkien taakse paitsi Sheenan, jonka kanssa jää keskustelemaan.

Ash, Dawn ja Brock viedään kaltereiden taakse ja he huomaavat myös Damoksen olevan telkien takana. Joukko ei arvosta häntä lainkaan, mikä hämmästyttää Damosta. Damos kertoo vanhan tarinan suuresta meteoriitista, joka uhkasi Michinaa. Tuolloin Arceus ilmestyi ja pysäytti meteoriitin. Damos auttoi Arceusta keräämään elämän laattansa (plates) takaisin, jolloin Arceus muodosti viidestä laatastaan Elämän jalokiven, jonka avulla tuhoutunut Michina saatiin jälleen hedelmälliseksi ja reheväksi. Elämän jalokivi oli tarkoitus palauttaa Arceukselle seuraavan auringonpimennyksen aikaan, eikä Damoksella ollut mitään aikomusta pettää Arceusta. Ash ja kumppanit kertovat Marcuksen hypnotisointikyvystä, jolloin Damos käsittää olleensa Marcuksen hypnoosin alaisena pettäessään Arceuksen.

Marcus ja Sheena keskustelevat ruokapöydässä, ja Sheena kertoo Damoksen pettävän Arceuksen pian saattaen tulevaisuuden vaaraan. Marcus suostuu pysäyttämään Damoksen. Hän haluaa Sheenan palauttavan Elämän jalokiven Arceukselle, mutta Sheenalta salaa Marcus vaihtaakin oikean Elämän jalokiven väärennökseen. Samoihin aikoihin Damoksen Pokémon-ystävä Pichu auttaa joukkoa karkaamaan sellistä.

Temppelissä auringonpimennys alkaa ja Arceus ilmestyy. Sheena kertoo Arceukselle, ettei Damos ole tulossa, ja sitten ojentaa Elämän jalokiven Arceukselle. Yhtäkkiä Marcus kuitenkin hyökkää Arceuksen kimppuun Sheenan järkytykseksi. Ash ja kumppanit kohtaavat Sheenan jolloin hän puolestaan kohtaa Damoksen. He ymmärtävät tilanteen oikean laidan: Marcus onkin kaiken takana oleva paha. Ash yrittää pysäyttää Marcuksen. Hälinän keskellä Marcus pudottaa oikean Elämän jalokiven, mutta Ash saa sen täpärästi pelastettua.

Arceuksen voimat alkavat loppua, kun Marcuksen käskystä sen päälle aletaan kaataa jähmeää hopeavettä. Damos ja Sheena yhdistävät voimansa ja löytävät yhteyden hyökkäävien Pokémonien sydämiin, jotka lopettavat hyökkäyksensä kohti Arceusta. Pian Pokémonit rauhoittuvat ja Marcus alkaa jäädä alakynteen. Marcus kuitenkin toteaa, että vaikka hän ei onnistuisi, Arceus on tuomittu kuolemaan, jolloin Ashin ja muiden tuntemaa tulevaisuutta ei ole. Arceuksen vähitellen kuollessa, upotessaan hopeaveteen, Pikachu alkaa kadota ja pian myös Ash, joka yrittää ojentaa Arceukselle oikeaa Elämän jalokiveä. Damos käyttää kaiken voimansa yltääkseen Arceuksen sydämeen ja lopulta saavuttaa yhteyden. Arceus saa vastaanotettua Elämän jalokiven, palauttaa voimansa ja herää henkiin.

Joukko saapuu takaisin nykypäivään uskoen kaiken olevan rauhallista, kun menneisyyden virheet on korjattu. Tilanne ei kuitenkaan ole näin - Arceus on tässä ajassa päihittänyt sekä Dialgan, Palkian että Giratinan ja alkaa vähitellen tuhoamaan Michinan kylää lopullisesti. Ash huutaa Arceukselle yrittäen saada tämän muistamaan, että kaikki on korjattu menneisyydessä. Yhtäkkiä Arceus muistaa kaiken ja lopettaa tuhoaikeensa. Kaikki on jälleen hyvin, ja Arceus palauttaa Michinan alkuperäiseen tilaansa. Ash ja kumppanit ihmettelevät, kuinka kylä säilyy hedelmällisenä, vaikka Elämän jalokivi palautettiin. Arceus kertoo sen olevan ihmisten ahkeraa, epäitsekästä työtä, että maa on pysynyt hedelmällisenä - Elämän jalokivellä ei ole loppujen lopuksi ollut siihen osaa eikä arpaa.

Arceus sekä Dialga, Palkia ja Giratina palaavat pian omiin ulottuvuuksiinsa. Raunion seinällä huomataan kuva ja viesti, joka on peräisin Damokselta. Tekstissä hän kiittää tulevaisuuden ystäviään, jotka auttoivat pelastamaan maailman.